代码以交互方式工作,但在编织时不工作

Code works interactively but not while knitting

我有一个 RMarkdown 文档,里面有一些 R 代码。当我在控制台中以交互方式 运行 时,代码工作正常。但是,当我尝试编织文档时(使用 RStudio 中的“编织”按钮),R 会抛出找不到某些对象的错误消息。

编译文档时(使用 RStudio 中的“编织”按钮),knitting takes place in a separate R session。因此,您的文档必须自包含:

  1. 来自交互式会话的全局环境的对象在编织时可用。您必须 create/load 文档中的所有对象。
  2. 您必须加载文档中使用的所有包。

另请注意,在编织时,您的工作目录已更改为包含您的文档的目录(默认情况下)。因此,相对路径(例如,您要读取的数据集的路径)可能不会指向预期的文件。