PDF/Tex-file knitr 生成的随机数与控制台中使用相同代码生成的随机数不同

Question

Knitr 擅长整合文本和代码输出。使用这个的目标通常被称为'reproducible research'。现在，当这项研究包含随机数（例如多重插补）时，再现性的关键是 R 中的 set.seed 函数。

但不知何故，这两种类型的可重现性不兼容。

查看下面的简短 Rnw 文件。

\documentclass{article}

\begin{document}

When I run the below chunck in the console I get (every time) the following numbers:

$, 94, 96, 92, 99, 57, 44, 45, 35, 43, 44, 71$$

However, when I run the enitre Rnw-program using the 'Compile pdf' button in Rstudio I get (every time) the following numbers:

$, 97, 52, 68, 2, 57, 76, 20, 96, 68, 27, 29$$

What number do \emph{you} get?

<<minimalexample, results = 'markup'>>=
set.seed(20200705)
sample(seq(1, 100), 12, replace = T)
@

\end{document}

我的问题是：

这怎么可能？
我们可以做些什么来在运行代码的两种方式中获得相同的数字吗？
当运行这个程序 and/or 只有 chunck 时，你 (reader) 得到什么数字？

Answer 1

我成功地在 R 4.0.2 上重现了您的结果。尝试运行在您的控制台和 knitr 文件中使用以下行：

RNGkind()

如果我没记错的话，您会看到以下（不同的）输出，具体取决于您运行安装它的位置：

# In the console:
RNGkind()
# [1] "Mersenne-Twister" "Inversion"        "Rounding" 

# In the knitr file:
RNGkind()
# [1] "Mersenne-Twister" "Inversion"        "Rejection"

通读 documentation，您会发现 sample.kind 有所不同。从上面link:

sample.kind can be "Rounding" or "Rejection", or partial matches to these. The former was the default in versions prior to 3.6.0: it made sample noticeably non-uniform on large populations, and should only be used for reproduction of old results.

您的控制台似乎由于某种原因停留在旧版本的样本生成上。要使用现代 "Rejection" 版本使其运行，请在您的控制台中执行以下命令：

RNGkind(sample.kind = "Rejection")

然后您应该得到与 knitr 文件中相同的随机序列。

PDF/Tex-file knitr 生成的随机数与控制台中使用相同代码生成的随机数不同

PDF/Tex-file produced by knitr contains different random numbers from those generated with same code in console

random

r

knitr