如何解决 Knitr 中的 "seek failed on" 错误

Question

我在编织文档时收到以下错误：

Quitting from lines 583-704 (education_crime_final.Rmd) 
Error in lapply(X = X, FUN = FUN, ...) : 
  seek failed on /Users/neatlabs/Desktop/EdSpending_Crime/education_crime_final_cache/docx/model building_7427809df73101b7d200e89c1a229cdc.rdb
Calls: <Anonymous> ... withVisible -> eval -> eval -> mean -> sapply -> lapply
Execution halted

我认为这是一个大小问题，但这只是因为我遇到了一个 google 结果，它讨论了与 Microsoft 的问题。我把问题归结为：如果我继续要求同一个对象 `r mean(sapply(ed_crime.model.2.imp$analys, AIC)) - mean(sapply(ed_crime.model.1.imp$analys, AIC))`, down to `r mean(sapply(ed_crime.model.2.imp$analys, AIC))`，编织器继续正常；但是，当我开始询问新型号时 `r mean(sapply(ed_crime.model.5.imp$analys, AIC)) - mean(sapply(ed_crime.model.4.imp$analys, AIC))`, down to `r mean(sapply(ed_crime.model.5.imp$analys, AIC))` 我会收到上述错误。

有谁知道如何解决这个问题？我知道人们想要一个可重现的例子，但我必须给你一个非常大的文件和很多代码才能重现它。希望这里有人以前遇到过这个问题。

Answer 1

遇到这个（非常烦人的）问题的任何人；这很可能是尺寸问题。检查您的缓存...如果您有超过 GB 的大型数据集和对象，那么您需要将 lazy.cache 设置为 false：您可以使用 (cache.lazy=FALSE) 按块执行此操作，也可以将 knitr::opts_chunk$set(cache.lazy=FALSE)在 Rmarkdown 的顶部以在全球范围内执行此操作。这是 2013 年 post...但它与问题相关：https://github.com/yihui/knitr/issues/572

如何解决 Knitr 中的 "seek failed on" 错误

How do I resolve a "seek failed on" error in Knitr

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knitr