如何从 pandas 数据帧行创建 networkx 边

Question

对于上下文：我正在为蛋白质-蛋白质相互作用网络制作可视化图表。这里的节点对应于蛋白质，边表示两个节点之间的相互作用。

这是我的代码：

首先我导入我需要的所有模块和文件：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd

interactome_edges = pd.read_csv("*a_directory*", delimiter = "\t", header = None)
interactome_nodes = pd.read_csv("*a_directory*", delimiter = "\t", header = None)

# A few adjustments for the dataframes
interactome_nodes = interactome_nodes.drop(columns = [0])
interactome_edges.columns = ["node1","node2"]

节点的数据框如下所示：

    1
0   MET3
1   IMD3
2   OLE1
3   MUP1
4   PIS1
...

边的数据框如下所示：

node1   node2
0   MET3    MET3
1   IMD3    IMD4
2   OLE1    OLE1
3   MUP1    MUP1
4   PIS1    PIS1
...

基本上边从节点 1 到节点 2

现在我遍历节点数据帧和边数据帧的每一行，并将其用作 networkx 节点和边。

interactome = nx.Graph()

# Adding Nodes to Graph
for index, row in interactome_nodes.iterrows():
    interactome.add_nodes_from(row)

# Adding Edges to Graph
for index, row in interactome_edges.iterrows():
    interactome.add_edges_from(row["node1", "node2"]) #### Here is the problem

我的问题出在添加边的部分。我目前收到以下错误：

KeyError: ('node1', 'node2')

我也试过了:

for index, row in interactome_edges.iterrows():
    interactome.add_edges_from((row["node1"],row["node2"]))

和：

for index, row in interactome_edges.iterrows():
    interactome.add_edges_from(row["node1"],row["node2"])

也只是：

for index, row in interactome_edges.iterrows():
    interactome.add_edges_from(row)

所有这些都给我某种形式的错误。

如何使用我的节点到节点数据框作为 networkx 图的边？

Answer 1

In [9]: import networkx as nx

In [10]: import pandas as pd

In [11]: df = pd.read_csv("a.csv")

In [12]: df
Out[12]:
  node1 node2
0  MET3  MET3
1  IMD3  IMD4
2  OLE1  OLE1
3  MUP1  MUP1
4  PIS1  PIS1

In [13]: G=nx.from_pandas_edgelist(df, "node1", "node2")

In [14]: [e for e in G.edges]
Out[14]:
[('MET3', 'MET3'),
 ('IMD3', 'IMD4'),
 ('OLE1', 'OLE1'),
 ('MUP1', 'MUP1'),
 ('PIS1', 'PIS1')]

Networkx 具有从 pandas 数据帧读取的方法。我使用了提供的边缘数据框。在这里，我使用 from_pandas_edgelist 方法从边缘数据帧中读取。

绘制图表后，

nx.draw_planar(G, with_labels = True) 
plt.savefig("filename2.png")

如何从 pandas 数据帧行创建 networkx 边

How to make networkx edges from pandas dataframe rows

python

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dataframe

pandas