有没有办法为各个 Snakemake 规则分配他们自己的作业脚本？

Question

假设我在同一工作流程中有两个 Snakemake 规则，具有不同的 environment/memory 要求。在 Snakemake 之外，我会向集群提交两个不同的作业，并根据作业的需要指定不同的选项。有没有办法为不同的规则指定不同的作业脚本以在 Snakemake 管道中复制它？

Answer 1

空字符串可用于要针对不同规则打开和关闭的选项。

rule one:
  params:
    pe=""

rule two:
  params:
    pe="-pe sharedmem 4"

并在命令行中：

snakemake --cluster "qsub {params.pe}"

Is there a way to assign individual Snakemake rules their own jobscripts?