如何从 R 中导出多个数据框列表

Question

我想将我的 3 个列表中的所有数据帧导出到单独的 '.txt' 文件中。我有一个包含 3 个列表（list1、list2 和 list3）的列表 'my_list'。

每个列表包含多个数据框。我想导出 3 个列表的所有 dataframes 以分隔文件（r1_df1.txt、r1_df2.txt、r2_df3.txt、r2_df4.txt、r2_df5.txt、r3_df6.txt, r3_df7.txt, r3_df8.txt)

让我们创建一些数据框：

df1 <- data.frame(geneName = 1:3, EnsemblID = 4:6, position = c(654654654,654654,654654))
df2 <- data.frame(id = 1:3, sex = c("M", "F", "T"))
df3 <- data1 <- data.frame(x1 = 1:3, x2 = letters[1:3])
df4 <- data.frame(y1 = c(3, 2, 1), y2 = c(6, 5, 4))
df5 <- data.frame(geneName = 1:3, EnsemblID = 4:6, position = c(65465,654654,987987))
df6 <- data.frame(id = 1:3, sex = c("C", "S", "T"))
df7 <- data1 <- data.frame(x1 = 1:3, x2 = letters[1:3])
df8 <- data.frame(z1 = c(3, 45, 1), p2 = c(6, 5, 4))

列表中的数据帧

list1 <- list(df1, df2); names(list1) <- c("df1", "df2")
list2 <- list(df3,df4,df5); names(list2) <- c("df3", "df4", "df5")
list3 <- list(df6, df7, df8); names(list3) <- c("df6", "df7", "df8")

my_list 包含 3 个列表

my_list <- list(list1, list2, list3); names(my_list) <- c("r1", "r2", "r3")

将数据帧导出到单独的 .txt 个文件**

对于一个列表，我使用此代码

lapply(seq_along(list1),
       function(i) write.table(list1[[i]], 
                               paste0("r1_", names(list1)[i] , ".txt"),
                               row.names = FALSE, quote = FALSE, sep = "\t", dec = ","))

## r1_df1.txt
## r1_df2.txt

如何同时对所有列表执行相同的操作？

我尝试了循环

for (i in seq_along(my_list)) {
    filename = paste("r_", names(my_list)[i], ".txt")
    write.table(my_list[[i]], filename, row.names = FALSE, quote = FALSE, sep = "\t", dec = "," )
}

我得到 3 个文件，每个文件都有绑定数据帧而不是单独的数据帧。

Answer 1

如果同时遍历名称和数据，这样做会更容易。

用 purrr 试试这个：

library(purrr)

imap(my_list, function(x, y) imap(x, 
           ~write.table(.x, paste0(y, '_', .y , ".txt"),
            row.names = FALSE, quote = FALSE, sep = "\t", dec = ",")))

或者，如果您想将内容保留在基数 R 中：

Map(function(x, y) {
  Map(function(p, q) {
    write.table(p, paste0(y, '_', q , ".txt"),
               row.names = FALSE, quote = FALSE, sep = "\t", dec = ",")
  }, x, names(x))
}, my_list, names(my_list))

Answer 2

您可能希望unlist事先不递归。

my_list.u <- unlist(my_list, recursive=F)
for (i in seq_along(my_list.u)) {
    filename=paste0("r_", names(my_list.u)[i], ".txt")
    write.table(my_list.u[[i]], filename, row.names=FALSE, quote=FALSE, 
                sep="\t", dec="," )
}

或者不使用 for 循环使用 sapply 大约快 20%。

sapply(seq(my_list.u), function(x) 
  write.table(my_list.u[[x]], paste0(names(my_list.u)[x], ".txt"),
              row.names=FALSE, quote=FALSE, sep="\t", dec=","))

如何从 R 中导出多个数据框列表

How to export multiple list of dataframes from R

export

r

list

lapply

dataframe