了解如何在 Slurm 上提交并行计算作业

Question

我正在使用一个名为 IAMR 的流体求解器，我正试图通过我的学校集群让它执行得更快。我可以选择添加节点和指定任务，但我不知道我的模拟需要什么区别运行。我正在尝试渲染单个模拟，到目前为止，以下 slurm 脚本已经运行：

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#!/bin/bash  
#SBATCH --job-name=first_slurm_job   
#SBATCH -N 10  
#SBATCH -p debug_queue  
#SBATCH --time=4:00:00  # format days-hh:mm:ss  

./amr3d.gnu.MPI.OMP.ex inputs.3d.rt

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除了不知道要请求多少个节点和任务之外，我不确定我是否正确提交了作业。在 IAMR 指南中，它指出：对于 MPI 构建，您可以运行并行使用，例如：

mpiexec -n 4 ./amr2d.gnu.DEBUG.MPI.ex 输入。2d.bubble

但是我在提交作业时并没有使用那一行。我问了一个朋友，他们说：通常“任务”的意思是“MPI 进程”，所以如果你把你的问题分成 4 个网格然后 AMReX 的工作方式，你可以让每个 MPI 等级更新一个网格，所以4 个网格你会要求 4 个 MPI 进程。那么这是否意味着如果我请求 4 个任务，我必须弄清楚如何将网格分成 4 个部分？任何见解都会有所帮助！这是我的集群规格：

Cluster Specs

Answer 1

您的文件名我们amr3d.gnu.MPI.OMP.ex。这是一个 OpenMP 程序（并行使用多个内核）或一个 MPI 程序（在多个节点上使用多个进程）还是一个混合程序，就像文件名一样？

好的，这是一个混合程序，所以我们说你使用 2 个节点，每个节点 16 个核心，那么你可以这样做

#!/bin/bash  
#SBATCH --job-name=first_slurm_job   
#SBATCH -p debug_queue  
#SBATCH --time=4:00:00  # format days-hh:mm:ss  

#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --ntasks=2
export OMP_NUM_THREADS=16

echo "Used nodes:" $SLURM_NODELIST
mpirun ./amr3d.gnu.MPI.OMP.ex inputs.3d.rt

了解如何在 Slurm 上提交并行计算作业

Understanding How to Submit a Parallel Computing Job on Slurm

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