从生存包中生成风险 table

Question

生存包中是否有生成风险的内置函数table？我想按时间间隔报告风险数量、事件数量和审查员数量。如果这不可用，有没有办法有效地生成这个 table？我已经看到其他具有一些内置功能的软件包，但更愿意使用 survival 软件包。

Answer 1

据我所知，survival 包中有 no in-built 函数可以生成 risk-set 表，但您可以编写一个简单的函数来生成它。这是一个示例代码，使用来自 survival 包的 veteran 数据用于 Kaplan-Meier 具有风险集的图，

library(survival)
data(veteran)

RiskSetCount <- function(timeindex, survivaltime) {
  atrisk <- NULL
  for (t in timeindex)
  atrisk <- c(atrisk, sum(survivaltime >= t))
  return(atrisk)
}

fit <- survfit(Surv(time, status) ~ trt, data=veteran) 
par(mfrow=c(1,1),mar = c(7,6,2,2)) # defining plot parameters
plot(fit, xlab="Time",ylab="Survival probability",lwd=2,mark.time=T,col=c(1,2),xlim=c(0,500))
legend("topright",col=c(1,2),lwd=2,legend=c("Control","Intervention"))
mtext("Risk set:", 1, line=4, at=-90)
grid <- seq(0,500,by=100)
mtext(RiskSetCount(grid,veteran$time[veteran$trt==1]), side=1, line=4, at=grid)
mtext(RiskSetCount(grid,veteran$time[veteran$trt==2]), side=1, line=5, at=grid)

这是K-M情节，

您可以向程序添加更多计数，例如事件数、删失观察数等。

从生存包中生成风险 table

Generating a risk table from survival package

r

survival-analysis

survival