如何将 Networkx Graph 转换为 igraph 对象（从 python 到 R）

Question

我有两个用 Networkx (Python 3.8) 从头开始制作的图形对象。为了帮助理解情况，这是一个摘要片段：

G = nx.Graph()
Z = nx.Graph()

#some work here to get data for nodes and edges

G.add_nodes_from([(data["id"], {"origin": data["origin"], "text": data["text"]})])

#some other work in order to hash data for improved nodes privacy

G.add_edge(h.hexdigest(), data["x"])
Z.add_edge(h.hexdigest(), data["x"], weight=polarity) #here polarity is a simple double value

现在，问题是我想导出这些对象以便使用 RStudio 和包 igraph 进行一些工作。到目前为止，我已经尝试了以下方法（没有任何运气）：

导出到一个简单的邻接列表（但在 RStudio 中我得到一个错误，与它期望方矩阵的事实有关，我记不太清了）
导出到边缘列表（但我得到另一种错误，似乎我不能使用权重表示）
使用比较幼稚的方法，导出gml格式，然后安装python-igraph，用函数Read_Adjacency()读取gml文件，然后重新- 使用函数 Write_Adjacency() 导出（希望通过这个中间步骤它能以某种方式使 igraph 可以理解格式）
我尝试了提出的解决方案here，但这次也没有成功

我该怎么办？

这是我在 RStudio 中使用的代码：

ADJACENCY=read.csv("myadjlist.csv",header=FALSE,row.names=NULL,sep=";")
ADJACENCY=as.matrix(ADJACENCY)
#then we create the graph
G=graph_from_adjacency_matrix(ADJACENCY, mode="undirected")

错误：

Error in graph.adjacency.dense(adjmatrix, mode = mode, weighted = weighted, : At structure_generators.c:274 : Non-square matrix, Non-square matrix

这是我的邻接表：

link

Answer 1

igraph 现在支持从 networkx 对象直接转换。有关详细信息，请参阅 https://igraph.org/python/doc/igraph.Graph-class.html#from_networkx。如果您首先转换为 igraph 对象（在 Python 中），将其写入文件，然后使用 igraph（在 R 中）将其读回，这应该可以正常工作。

如何将 Networkx Graph 转换为 igraph 对象（从 python 到 R）

How to convert a Networkx Graph into an igraph object (from python to R)

r

graph

igraph

networkx

python-3.x