如何使用 python 从一个文件到另一个文件的 "copy-paste" 文本块？
How to "copy-paste" blocks of text from one file to another using python?
我是运行一些分子模拟，我有一个带坐标的文件（一个 .xyz 文件，基本上是一个带有选项卡列的文件），我需要向它发送另一个文件，它将是我的模拟输入文件。
给你一张图片，这是我的输入文件与我的坐标的样子（底部还有更多未触及的东西）：
inputfile.py
# One-electron Properties
# Methacrylic acid (MA0)
# Neutral
# 86.09 g/mol
memory 8 GB
molecule MA0 {
0 1
C 2.87618 -0.84254 0.16797
C 2.96148 0.13611 1.08491
C 2.43047 -0.01082 2.47698
C 3.62022 1.40750 0.67356
O 3.45819 2.47668 1.24567
}
.
.
.
我生成了一些位于另一个文件中的坐标。该文件看起来像：
conformer_coords.xyz
15
conformer index = 0001, molecular weight is = 100.052429496, MMA.pdb
O 2.98687 0.35207 1.05259
C 2.40900 0.04400 0.02100
O 1.13058 0.37171 -0.29283
C 0.85476 1.77012 -0.33847
.
.
.
我要做的是将inputfile.py中的坐标替换为conformer_coords.xyz中的坐标。我的构象器中坐标位置的数量是已知的。我们暂时称它为 N。所以，conformer_coords.xyz 有 N+2 行。
我基本上想从 conformer_coords.xyz 获取坐标并将它们放在
之间
{
0 1
和}（是的，那里需要0 1）。
我该怎么办？ python 能成功吗？无论如何我都在使用子进程，所以如果 awk 或 bash 可以做到，如果有人能指出正确的方向，我将非常感激！！
import re
def insert_data(conformer_filepath,input_filepath,output_filepath):
#grab conformer data
with open(conformer_filepath,'r') as f:
conformer_text = f.read()
conformer_data = re.search('conformer[^\n]+\n(.+)',conformer_text,re.M|re.S).group(1)
#this looks for the line that has conformer in it and takes all lines after it
#grab input file before and after text
with open(input_filepath,'r') as f:
input_text = f.read()
input_pre,input_post = re.search('(^.+\n0 1\n).+?(\n}.*)$',input_text,re.M|re.S).groups()
#this looks for the "0 1" line and takes everything before that. Then it skips down to the next curly bracket which is at the start of a line and takes that and everything past it.
#write them to the output file
with open(output_filepath,'w') as f:
f.write(input_pre + conformer_data + input_post)
#this writes the three pieces collected to the output file
我是运行一些分子模拟，我有一个带坐标的文件（一个 .xyz 文件，基本上是一个带有选项卡列的文件），我需要向它发送另一个文件，它将是我的模拟输入文件。
给你一张图片，这是我的输入文件与我的坐标的样子（底部还有更多未触及的东西）：
inputfile.py
# One-electron Properties
# Methacrylic acid (MA0)
# Neutral
# 86.09 g/mol
memory 8 GB
molecule MA0 {
0 1
C 2.87618 -0.84254 0.16797
C 2.96148 0.13611 1.08491
C 2.43047 -0.01082 2.47698
C 3.62022 1.40750 0.67356
O 3.45819 2.47668 1.24567
}
.
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我生成了一些位于另一个文件中的坐标。该文件看起来像：
conformer_coords.xyz
15
conformer index = 0001, molecular weight is = 100.052429496, MMA.pdb
O 2.98687 0.35207 1.05259
C 2.40900 0.04400 0.02100
O 1.13058 0.37171 -0.29283
C 0.85476 1.77012 -0.33847
.
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我要做的是将inputfile.py中的坐标替换为conformer_coords.xyz中的坐标。我的构象器中坐标位置的数量是已知的。我们暂时称它为 N。所以，conformer_coords.xyz 有 N+2 行。
我基本上想从 conformer_coords.xyz 获取坐标并将它们放在
{
0 1
和}（是的，那里需要0 1）。
我该怎么办？ python 能成功吗？无论如何我都在使用子进程，所以如果 awk 或 bash 可以做到，如果有人能指出正确的方向，我将非常感激！！
import re
def insert_data(conformer_filepath,input_filepath,output_filepath):
#grab conformer data
with open(conformer_filepath,'r') as f:
conformer_text = f.read()
conformer_data = re.search('conformer[^\n]+\n(.+)',conformer_text,re.M|re.S).group(1)
#this looks for the line that has conformer in it and takes all lines after it
#grab input file before and after text
with open(input_filepath,'r') as f:
input_text = f.read()
input_pre,input_post = re.search('(^.+\n0 1\n).+?(\n}.*)$',input_text,re.M|re.S).groups()
#this looks for the "0 1" line and takes everything before that. Then it skips down to the next curly bracket which is at the start of a line and takes that and everything past it.
#write them to the output file
with open(output_filepath,'w') as f:
f.write(input_pre + conformer_data + input_post)
#this writes the three pieces collected to the output file