从 Python 调用 R 脚本不会在版本 4 中保存日志文件

Question

我正在从 python 调用一个名为 R Code.R:

的非常简单的 R 脚本

args <- commandArgs(TRUE)
print(args)
source(args[1])

setwd("<YOUR PATH>")
output <- head(mtcars, n = n)
write.table(output, "output.txt")

使用以下脚本：

import subprocess

pth = "<YOUR PATH>"


subprocess.call(" ".join(["C:/R/R-3.6.0/bin/x64/R.exe", "-f", '"' + pth + '/R Code.R"', "--args", 
                '"' + pth + '/arguments.txt"',"1>", '"' + pth + '/log.txt"', "2>&1"]))


subprocess.call(" ".join(["C:/R/R-4.0.3/bin/x64/R.exe", "-f", '"' + pth + '/R Code.R"', "--args", 
                '"' + pth + '/arguments.txt"',"1>", '"' + pth + '/log.txt"', "2>&1"]))

其中 arguments.txt 包含： n <- 10

问题是当我使用 R-4.0.3 时，log.txt 文件没有生成，我需要转储一个日志文件，因为它会在我的后续过程中自动寻找它。

当我在 CMD (Windows) 中执行以下命令时：

C:/R/R-4.0.3/bin/x64/R.exe -f "<YOUR PATH>/R Code.R" --args "<YOUR PATH>/arguments.txt" 1> "<YOUR PATH>/log.txt" 2>&1'

它确实工作得很好，只有当嵌入到另一个软件中时。

此外，我尝试过在名称中不使用白色 space 并从根文件夹调用脚本而无需指定路径。知道为什么它不适用于 R-4.* 甚至更好，如何解决它？

谢谢！

PD：Martin，谢谢你的提示，让我提出了一个更好的问题

Answer 1

好吧，在一种情况下 (3.6.0)，您使用 R.exe，在另一种情况 (4.0.3) 中，您使用 Rscript.exe。 R 和 Rscript 都存在了很长时间，并且它们的行为总是略有不同。

您真的不应该将它们相互混淆（即使在 Windows 上，我明白了，它们看起来像是同一个文件..它们不会表现一样）。

好的，现在您对两者都使用 R.exe。只是为了了解更多/查看更多可能发生问题的地方，你可以尝试全部

使用最小可重现示例，即我们可以自己直接使用的示例，即不使用"<YOUR PATH>"（也不setwd(.)）
不使用带有 ' ' (space) 的文件名，即，例如，使用 code.R
从“终端”调用它/shell 而不是作为 python 子进程？

最后但同样重要的是：是的，对于 R 4.0.0，使用了一个完全更新的工具集（“全新的工具链”，例如更新得多的 C 编译器）来为 windows、“Rtools 4.0”构建 R或 rtools40: https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ 。所以变化是意料之中的，但通常只会变得更好，而不是更糟..

Answer 2

帮助人们解决了这个问题，谢谢，Duncan Murdoch！

解决方案 1：

import os
pth = "<YOUR PATH>"
os.system(" ".join(["C:/R/R-4.0.3/bin/x64/R.exe", "-f", '"' + pth + '/RCode.R"', "--args", 
                '"' + pth + '/arguments.txt"',"1>", '"' + pth + '/log.txt"']))

解决方案 2：

import subprocess
pth = "<YOUR PATH>"
subprocess.call(" ".join(["1>", '"' + pth + '/log.txt"', "2>&1",
                          "C:/R/R-4.0.3/bin/x64/R.exe", "-f", '"' + pth + '/RCode.R"', "--args", 
                '"' + pth + '/arguments.txt"']), shell = True)

从 Python 调用 R 脚本不会在版本 4 中保存日志文件

Calling R script from Python does not save log file in version 4

python

subprocess

r