在 R 中，如何将一个包中的泛型方法扩展到另一个包中？

Question

我有一个具有通用功能的包 PackageA：

#' doWork
#' 
#' Do some work!
#'
#' @export
setGeneric(
    "doWork", 
    function(x) {

        standardGeneric("doWork")
    })

setMethod(
    "doWork", 
    signature = c("numeric"), 
    definition = function(x) {

        x == 10 # Some logic... 
    }

在PackageB中，它依赖于PackageA，我想在doWork中添加更多方法：

#' @import PackageA
setMethod(
    "doWork", 
    signature = c("character"), 
    definition = function(x) {

        length(x) == 1 && x == "10" # Some more logic... 
    }

这行得通。但是，这意味着 PackageB 的用户还必须 library(PackageA).

这失败了：

library(PackageB)

doWork("10") # Fails!

这个有效：

library(PackageA)
library(PackageB)

doWork("10")

我想在 PackageB 中使用 PackageA 中的泛型，但不需要加载 PackageA 以仅使用 PackageB 中的方法。

我怎样才能做到这一点？

Answer 1

这似乎对我有用，但我没有看到它的记录，所以我不一定认为它是犹太洁食。 pckgA:

#' @export

setGeneric("doWork", function(x) standardGeneric("doWork"))
setMethod("doWork", signature = "numeric", function(x) x == 11)

和pckgB:

#' @export
#' @import pckgA

setGeneric("doWork", getGeneric("doWork", package="pckgA"))
setMethod("doWork", "character", function(x) identical(x, "10"))

主要技巧是在 pckgB 中从 pckgA 导入并重新导出 doWork。然后从干净的 R 会话开始：

library(pckgB)
doWork("10")
# [1] TRUE
doWork("11")
# [1] FALSE
doWork(11)
# [1] TRUE
library(pckgA)
doWork(11)
# [1] TRUE
doWork("10")
# [1] TRUE

您可能需要完全清除您的工作区（包括隐藏的对象）以摆脱任何先前的方法定义，这样才能真正正常生效。

Answer 2

这个其实是有文档记录的，但是不是很清楚；请参阅 Writing R Extensions 的 1.5.6 部分。

诀窍是从 PackageA 导入泛型，然后从 PackageB 重新导出它。使用 roxygen 注释，这看起来像：

#' @importMethodsFrom PackageA doWork
#' @export 
setMethod(
    "doWork", 
    signature = c("character"), 
    definition = function(x) {

        length(x) == 1 && x == "10" # Some more logic... 
    })

当您调用 devtools::document() 时，除非您首先加载 PackageA（调用 library(PackageA)），否则这将失败。

但是，一旦构建，PackageA 就不是必需的：

> library(PackageB)
> showMethods("doWork")
Function: doWork (package PackageA)
x="character"
x="numeric"

供参考，自动生成的 NAMESPACE 文件如下所示：

exportMethods(doWork)
importMethodsFrom(PackageA, doWork)

此方法不会产生有关命名冲突等的警告，所以它似乎是 "kosher"。

在 R 中，如何将一个包中的泛型方法扩展到另一个包中？

In R, how can I extend generic methods from one package in another?

generics

packages

r