osx 上的 pytorch（仅 cpu）失败，未找到符号

Question

我正在尝试开始使用 PyTorch - 在 mac osx 计算机上。但是，基本步骤失败：

from torch_sparse import coalesce, SparseTensor

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OSError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-dad8246d5249> in <module>
----> 1 from torch_sparse import coalesce, SparseTensor

/usr/local/Caskroom/miniconda/base/envs/my_conda_env/lib/python3.8/site-packages/torch_sparse/__init__.py in <module>
     10         '_saint', '_padding'
     11 ]:
---> 12     torch.ops.load_library(importlib.machinery.PathFinder().find_spec(
     13         library, [osp.dirname(__file__)]).origin)
     14 

/usr/local/Caskroom/miniconda/base/envs/my_conda_env/lib/python3.8/site-packages/torch/_ops.py in load_library(self, path)
    102             # static (global) initialization code in order to register custom
    103             # operators with the JIT.
--> 104             ctypes.CDLL(path)
    105         self.loaded_libraries.add(path)
    106 

/usr/local/Caskroom/miniconda/base/envs/my_conda_env/lib/python3.8/ctypes/__init__.py in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error, winmode)
    371 
    372         if handle is None:
--> 373             self._handle = _dlopen(self._name, mode)
    374         else:
    375             self._handle = handle

OSError: dlopen(/usr/local/Caskroom/miniconda/base/envs/my_conda_env/lib/python3.8/site-packages/torch_sparse/_version.so, 6): Symbol not found: __ZN3c105ErrorC1ENS_14SourceLocationERKNSt3__112basic_stringIcNS2_11char_traitsIcEENS2_9allocatorIcEEEE
  Referenced from: /usr/local/Caskroom/miniconda/base/envs/my_conda_env/lib/python3.8/site-packages/torch_sparse/_version.so
  Expected in: flat namespace
 in /usr/local/Caskroom/miniconda/base/envs/my_conda_env/lib/python3.8/site-packages/torch_sparse/_version.so

我使用的conda环境是：

name: my_conda_env
channels:
  - pytorch
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - python>=3.8
  - pytorch
  - pytorch_geometric

并使用以下实例化它：

conda env create --force -f environment.yml

Answer 1

https://github.com/rusty1s/pytorch_sparse/issues/135

的确，https://github.com/conda-forge/pytorch_sparse-feedstock/issues/13就是问题所在使用 pip https://pytorch-geometric.readthedocs.io/en/latest/notes/installation.html 手动安装 pytorch geometric 及其依赖项，例如 pytorch sparse https://pytorch-geometric.readthedocs.io/en/latest/notes/installation.html 是当前合适的解决方法

Answer 2

我在导入 torch_geometric 数据集时遇到了同样的问题： from torch_geometric.datasets import TUDataset

我的设置：Anaconda 环境中 Windows 上的火炬版本 1.11.0。我用 pip

安装了 torch-geometric

我通过卸载 torch-geometric 及其所有依赖项解决了这个问题： pip uninstall torch-geometric torch-scatter torch-sparse torch-cluster torch-spline-conv

通过使用以下命令检查安装在我的 anaconda 环境中的软件包，确保 torch-geometric 确实被卸载： conda list

原来我在我的 anaconda 环境中安装了这些软件包的多个版本。问题是，我用 cuda 安装了 torch-geometric，但后来我没有连接 gpu，我需要安装 cpu 版本。 pip install cpu version 没有删除已经存在的 gpu 版本，因此产生了冲突。

因此，在删除 torch-geometric 及其所有依赖项后，我使用 PyG documentation 了解 torch-geometric 及其依赖项的兼容版本：

最后，根据文档，我使用了这个命令：

pip install torch-scatter torch-sparse torch-cluster torch-spline-conv torch-geometric -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.11.0+cpu.html

为 torch==1.11.0 安装的依赖版本是：

torch-geometric==2.0.4

torch-cluster==1.6.0

torch-scatter==2.0.9

torch-sparse==0.6.13

torch-spline-conv==1.2.1

osx 上的 pytorch（仅 cpu）失败，未找到符号

pytorch (cpu only) on osx fails with symbol not found

python

macos

symbol-not-found

conda

pytorch