R 无法使用聚合函数正确计算均值

Question

不确定为什么 R 不能正确计算我的数据的均值。我确实有很多 NA 值，但 R 一直告诉我平均值是 NA。这是一个例子：

data1=read_excel"pepper.xlsx"

data1$cultivar = as.factor(data1$cultivar)

mean = aggregate(data1[,3:4], list(data1$cultivar), mean)

cultivar	replication	width	height
BOF	1	12	14
BOF	2	10	NA
BOF	3	NA	15
BOF	4	NA	NA

不是计算 BOF 的平均宽度为 11 和平均 height 为 14.5，而是计算高度和宽度的平均值为 NA。这是对我的数据的过度简化。我的研究中有几个品种，并使用 aggregate 函数计算了每个品种的每个变量的均值。

Answer 1

更新： 不需要匿名函数（致 Gregor Thomas，请参阅评论）。我们可以使用：

summarise(across(where(is.numeric), mean, na.rm = TRUE))

第一个回答： 感谢 Gregor Thomas colMeans 不会在这里工作。我们可以使用 dplyr 包 summarise 和 across

library(dplyr)

df %>% 
  group_by(cultivar) %>% 
  summarise(across(where(is.numeric),~ mean(., na.rm = TRUE)))

输出：

  cultivar replication width height
  <chr>          <dbl> <dbl>  <dbl>
1 BOF              2.5    11   14.5

Answer 2

试试这个：

mean = aggregate(data1[,3:4], list(data1$cultivar), mean, na.rm = TRUE, na.action = na.pass)

R won't compute means correctly with aggregate function