Conda biopython环境

Question

我正在尝试从具有单个条目的 yaml 文件创建一个 conda 环境。解决环境的过程需要很长时间。你能告诉我如何加快求解过程吗？

environ.yaml

channels:
  - bioconda
dependencies:
  - biopython   >=1.70

conda env create -n biopython -f environ.yaml

Answer 1

首先是Bioconda has specific channel requirements，然后是Bioconda has specific channel requirements。您的本地频道配置中可能已经有 Conda Forge，但更好的做法是将其显式包含在 YAML 中。

其次，仅指定 biopython 会使实际 Python 版本保持打开状态，并可能导致大量求解。您应该通过指定 Python 到次要版本来改进求解。

第三，Conda 求解器是出了名的慢，尤其是在 Conda Forge 通道运行时。生物信息学社区中的许多人一直在采用 Mamba，这是一种经过编译的（更快！）直接替代品。安装很简单 (conda install -n base conda-forge::mamba)，然后就像 conda.¹[=25= 一样使用它]

总结一下，试试这样的东西：

environ.yaml

name: biopython
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - python=3.9
  - biopython>=1.70

然后

mamba env create -n biopython -f environ.yaml

_{[1] 请注意，mamba 不会替换 conda activate，这是一个 shell 函数。但是命令部分 conda 和 conda-env 入口点，如 install、create、remove 等，每个都有一个 mamba 对应项。}

Conda biopython环境

Conda biopython environment

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