如何将一段 R 代码应用于数据框的每一列

Question

我要分析EMG数据，但是我不太会用R: 我有一个包含 9 列的 data.frame：一列指定时间，另外 8 列指定我的频道。我想过滤我的 emg 数据，但我只能对每个通道执行此操作，但我想一次对数据帧的所有通道执行此操作，因此我不必将其应用于每个通道。

# This example computes the LE-envelope using the lowpass routine

# Coerce a data.frame into an 'emg' object
x <- as.emg(extensor_raw$channel1, samplingrate = 1000, units = "mV")  ##do this for every channel

# Compute the rectified signal
x_rect <- rectification(x)

# Filter the rectified signal
y <- lowpass(x_rect, cutoff = 100)

# change graphical parameters to show multiple plots
op <- par(mfrow = c(3, 1))

# plot the original channel, the filtered channel and the 
# LE-envelope
plot(x, channel = 1, main = "Original  channel")
plot(x_rect, main = "Rectified  channel")
plot(y, main = "LE-envelope")

# reset graphical parameters
par(op)

所以我可以不在这里使用 extensor_raw$channel1 而是放入 extensor_raw$i 之类的东西并绕过它吗？或者有什么方法可以将这段代码应用于每个通道（即 9 列数据帧中的 8 列，不包括指定时间的第一列？）

Answer 1

如果是按列，则使用lapply并存储为list，并假设所有列都需要更改。（注意这里没有测试，plot里面的par可能要改）

lst1 <- lapply(extensor_raw, \(vec) {
      x <- as.emg(vec, samplingrate = 1000, units = "mV")  

      # Compute the rectified signal
       x_rect <- rectification(x)
     # Filter the rectified signal
     y <- lowpass(x_rect, cutoff = 100)

     # change graphical parameters to show multiple plots
     op <- par(mfrow = c(3, 1))

     # plot the original channel, the filtered channel and the 
    # LE-envelope
     plot(x, channel = 1, main = "Original  channel")
    plot(x_rect, main = "Rectified  channel")
     plot(y, main = "LE-envelope")


# reset graphical parameters
par(op)
})

Answer 2

这是我的解决方案。首先，由于您的问题没有数据，我使用了 UCI 机器学习存储库中的 'EMG data for gestures Data Set'。

Link https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/EMG+data+for+gestures

它与您一直使用的数据集非常相似，第一个变量是时间，然后是 8 个变量是通道，最后一个是 class

要为每个通道创建图表，您可以使用 FOR 循环，将您关注的列用作迭代运算符。中间代码与您的代码相同，最后在绘图时我更改了绘图标题，使其与其各自的列名称相似。

library(biosignalEMG)

extensor_raw <- read.delim("01/1_raw_data_13-12_22.03.16.txt")
head(extensor_raw)

for(i in names(extensor_raw[2:9])){
  print(paste("Drawing for ", i))
  # Coerce a data.frame into an 'emg' object
  x <- as.emg(extensor_raw[i], samplingrate = 1000, units = "mV")  ##do this for every channel
  
  # Compute the rectified signal
  x_rect <- rectification(x)
  
  # Filter the rectified signal
  y <- lowpass(x_rect, cutoff = 100)
  
  # change graphical parameters to show multiple plots
  op <- par(mfrow = c(3, 1))
  
  # plot the original channel, the filtered channel and the 
  # LE-envelope
  plot(x, channel = 1, main = paste("Original ", i))
  plot(x_rect, main = paste("Rectified", i))
  plot(y, main = paste("LE-envelope", i))
  
}

在此代码的末尾，您可以看到在 rstudio 的图表部分创建了多个页面，同时绘制了从 1 到 8 的每个通道

喜欢第 5 频道，其他频道也一样。我希望这可以帮助您解决问题。

关于您在评论中提出的第二部分：如果您有单独的文件，我们将其分开。将一一阅读，然后绘制。为此，我们将使用嵌套的 FOR 循环。首先设置你的工作目录，你有所有的手势文件。就像我的例子一样，我的目录中有两个具有相同结构的文件。

代码改动如下：

setwd('~/Downloads/EMG_data_for_gestures-master/01')
library(biosignalEMG)

for(j in list.files()){
  print(paste("reading file ",j))
  extensor_raw <- read.delim(j)
  head(extensor_raw)
  
  for(i in names(extensor_raw[2:9])){
    print(paste("Drawing for ", i))
    # Coerce a data.frame into an 'emg' object
    x <- as.emg(extensor_raw[i], samplingrate = 1000, units = "mV")  ##do this for every channel
    
    # Compute the rectified signal
    x_rect <- rectification(x)
    
    # Filter the rectified signal
    y <- lowpass(x_rect, cutoff = 100)
    
    # change graphical parameters to show multiple plots
    op <- par(mfrow = c(3, 1))
    
    # plot the original channel, the filtered channel and the LE-envelope
    
    plot(x, channel = 1, main = paste("Original ", i," from ", j))
    plot(x_rect, main = paste("Rectified", i," from ", j))
    plot(y, main = paste("LE-envelope", i," from ", j))
    
  }
}

希望对您有所帮助。

如何将一段 R 代码应用于数据框的每一列

How can I apply a piece of R code to every column of my data frame

loops

r

filter

apply