如何在包含名称列表的 file.txt 上循环？

Question

我正在使用 MacOS。

我正在尝试通过 fimo 工具注释转录因子基序。我需要运行对多个 Motifs --motif $line 名称包含在文件 MotifsList.txt 上进行 fimo。为了工作，fimo 需要访问 [=] 旁边的 2 个其他文件（file.meme、file.fa） 67=]一个。我会运行使用包含脚本的生成的 file.sh 来自 命令行 的所有内容。所有需要的文件； .txt、.sh、.meme 和 .fa 存储在名为 Motifs_analysis 的同一文件夹中。我希望将输出 Resultfile 保存在同一张 cd 中。

MotifsList.txt 文件中的行数：

MOTIF BU0001.Arid3a_primary
MOTIF MA0151.1 Arid3a
MOTIF MA0601.1 Arid3b
MOTIF ARNT_HUMAN.H11MO.0.B
....

file.sh 包含脚本的文件：

#!/bin/bash
while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do
    fimo --thresh 1e-4 --no-qvalue --max-stored-scores 10000000 --motif $line --text file.meme genome.fa > ResultFile
done <

命令行 输入以启动 bash 作业：

cd /Users/myho2345/Desktop/Motifs_analysis
chmod +x file.sh
./file.sh MotifsList.txt

*错误：

zsh: ./file.sh: bad interpreter: /bin/bash^M: no such file or directory

脚本不正确。我哪里做错了？

最好，非常感谢您的帮助！！！！

Answer 1

^M在DOS文件系统中是一个回车-return字符，它是“不可见的”。

2 个要修复的选项：

# Option 1
dos2unix file.sh

# Option 2
sed -i 's/\r//g' file.sh

如何在包含名称列表的 file.txt 上循环？

How to Loop on a file.txt containing a list of names?

bash

command-line

loops

list