Python subprocess() 正在读取 bash 中的文件

Question

我有一个文件的 shell 命令，如下所示：

filename="/4_illumina/gt_seq/gt_seq_proccessor/200804_MN01111_0025_A000H35TCJ/fastq_files/raw_data/200804_MN01111_0025_A000H35TCJ.demultiplex.log"

assembled_reads=$(cat $filename | grep -i " Assembled reads ...................:" | grep -v "Assembled reads file...............:")

现在我正尝试运行在 python 环境中使用子进程作为：

task = subprocess.Popen("cat $filename | grep -i " Assembled reads ...................:" | grep -v "Assembled reads file...............:"", shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
p_stdout = task.stdout.read()
print (p_stdout)

这不起作用，因为我无法解析从 python 到 shell 的文件名变量，而且我编写 grep 命令的方式可能存在语法错误。

有什么建议吗？

Answer 1

我会考虑在 python 中进行所有阅读和搜索，并且可能会重新考虑您想要实现的目标，但是：

在shell中：

$ export filename=/tmp/x-output.GOtV

在 Python 中（注意访问 $filename 并在命令中混合引号，我还使用自定义 grep 命令来稍微简化一下）：

import os
import subprocess
tmp = subprocess.Popen(f"cat {os.environ['filename']} | grep -i 'x'", shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
data = tmp.stdout.read()
print(data)

虽然有效，但解决方案是......不是我认为的干净代码。

Answer 2

此代码似乎无需外部工具即可解决您的问题。

filename="/4_illumina/gt_seq/gt_seq_proccessor/200804_MN01111_0025_A000H35TCJ/fastq_files/raw_data/200804_MN01111_0025_A000H35TCJ.demultiplex.log"
for line in open(filename):
    if "Assembled reads" in line and "Assembled reads file" not in line:
        print(line.rstrip())

Python subprocess() 正在读取 bash 中的文件

Python subprocess() reading file in bash

python

shell

subprocess

python-3.x