正确的 R Markdown 代码组织

Question

我一直在阅读 R Markdown (here, here, and here) 并使用它来创建可靠的报告。我想尝试使用我的代码运行做一些临时分析并将它们变成更具可扩展性的数据报告。

我的问题相当宽泛：是否有适当的方法来围绕 R Markdown 项目组织代码？比如说，有一个脚本可以生成所有数据结构吗？

例如：假设我有 cars 数据集，并且我已经引入了制造商的商业数据。如果我想将制造商附加到当前 cars 数据集，然后使用操纵数据集 cars.by.name 为每个公司生成单独的摘要 table 并绘制特定样本怎么办？使用 cars.import?

编辑： 现在我打开了两个文件。一个是包含所有数据操作的 R 脚本文件：对值进行子集化和重新分类。另一个是 R Markdown 文件，我在其中构建文本以伴随各种 table 和感兴趣的图。当我从 R 脚本文件中调用一个对象时——如：

```{r}
table(cars.by.name$make)
```

我收到一条错误消息 Error in summary(cars.by.name$make) : object 'cars.by.name' not found

编辑 2： 我发现这个旧线程很有帮助。 Link

---
title: "Untitled"
author: "Jeb"
date: "August 4, 2015"
output: html_document
---


This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r}
table(cars.by.name$make)
```  

```{r}
summary(cars)
summary(cars.by.name)
```

```{r}
table(cars.by.name)
```   
You can also embed plots, for example:

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
plot(cars.import)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

Answer 1

很多时候，我有很多报告需要运行相同代码但参数略有不同。分别调用我的所有 "stats" 函数，生成结果，然后仅引用是我通常做的事情。方法如下：

---
title: "Untitled"
author: "Author"
date: "August 4, 2015"
output: html_document
---

```{r, echo=FALSE, message=FALSE}
directoryPath <- "rawPath" ##Something like /Users/userid/RDataFile
fullPath <- file.path(directoryPath,"myROutputFile.RData") 
load(fullPath)
```

Some Text, headers whatever

```{r}
summary(myStructure$value1) #Where myStructure was saved to the .RData file
```

您可以使用 save.image() 命令保存 RData 文件。

希望对您有所帮助！

Answer 2

此类问题有解决方案，已解释 here。

基本上，如果您有包含代码的 .R 文件，则无需在 .Rmd 文件中重复代码，但您可以包含 .R 文件中的代码。为此，代码块应在 .R 文件中命名，然后可以按名称包含在 .Rmd 文件中。

test.R:

## ---- chunk-1 ----
table(cars.by.name$make)

test.Rmd

仅在 .Rmd 文件之上一次：

```{r echo=FALSE, cache= F}
knitr::read_chunk('test.R')
```

对于您包含的每个块（将 chunk-1 替换为 .R 文件中该特定块的标签）：

```{r chunk-1}
```

请注意，它应该留空（按原样），在运行时间内，您来自 .R 的代码将被带到这里，运行。

正确的 R Markdown 代码组织

Proper R Markdown Code Organization

r

r-markdown

test.R:

test.Rmd