R找不到travis安装的包

Question

我们正在尝试向 caret package 添加一些单元测试，这些单元测试通过 travis 获得运行，但在 CRAN 上没有。这节省了 CRAN 的构建时间，减少了他们必须安装以检查我们的包的依赖项数量，同时让我们运行在 travis 上有一个更完整的测试套件。

我认为我可以使用 travis.yml file 中的 r_packages: 行简单地安装测试要求：

r_packages:
 - ROSE
 - DMwR

However, my NOT_CRAN=TRUE builds are still failing。（NOT_CRAN=FALSE 运行没问题，因为有问题的测试被跳过了）

这真的很奇怪，因为 when I look at the build logs，我看到 travis 成功安装了我需要的所有包：

* installing *source* package â€˜ROSEâ€™ ...
** package â€˜ROSEâ€™ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** data
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (ROSE)

但是当我的测试运行依赖于那些包时，R 找不到它们：

> library(testthat)
> library(caret)
Loading required package: lattice
Loading required package: ggplot2
> 
> test_check("caret")
[1] "Reduced dimension to 3 by default. "
1 package is needed for this model and is not installed. (ROSE). Would you like to try to install it now?1. Error: check appropriate sampling calls by name -----------------------------

1: withCallingHandlers(eval(code, new_test_environment), error = capture_calls, message = function(c) invokeRestart("muffleMessage"), 
       warning = function(c) invokeRestart("muffleWarning"))
2: eval(code, new_test_environment)
3: eval(expr, envir, enclos)
4: caret:::parse_sampling(i) at test_sampling_options.R:14
5: checkInstall(pkgs)
6: stop()

testthat results ================================================================
OK: 62 SKIPPED: 0 FAILED: 1
1. Error: check appropriate sampling calls by name 

Error: testthat unit tests failed
Execution halted

（我认为） relevant line of code is here in caret's source code:

good <- rep(TRUE, length(pkg))
  for(i in seq(along = pkg)){
    tested <- try(find.package(pkg[i]), silent = TRUE)
    if(class(tested)[1] == "try-error") good[i] <- FALSE
  }

为什么find.package函数找不到travis安装的包？他们会进入某个特殊的独立图书馆吗？

另外，顺便说一句，我如何让我的 travis build for r 不那么冗长？默认情况下，它们似乎打印了太多信息（例如，它回显了测试和手册中的所有代码运行，甚至是没有错误的代码）。

Answer 1

您可以克隆 r-travis 存储库并从您的副本中获取源代码。这样你就可以让它不那么冗长了。

至于 "packages not found"：不知道。但是 Travis 实例是一个香草 Ubuntu 安装，所以你可以通过回显到合适的 ~/.Rprofile 等页来控制事情。我找到了 old r-travis 设置对我和 recently blogged about one way to dramatically cut test times down 更方便，更多地依赖预构建的 r-cran-* .deb 包。

Michael 在他的回购协议中有超过 1000 个，您也可以通过 PPA 构建自己的。如果时间允许，我可能会写另一篇博客 post 详细说明...

Answer 2

在 Travis 上测试您的包时，R CMD check 似乎在错误的位置寻找已安装的包。

我创建了一个小测试包来解决这个问题：

使用 R CMD check 在 Travis 上测试包时，.libPaths() 包含：

c("/tmp/RtmpnQE1WM/RLIBS_29bd3940b7fa",
  "/usr/lib/R/library")

使用 devtools::test() 在 Travis 上测试包时，.libPaths() 包含：

c("/usr/local/lib/R/site-library",
  "/usr/lib/R/site-library",
  "/usr/lib/R/library")

默认情况下，Travis 上的 R 个包安装到 /usr/local/lib/R/site-library（即 .libPaths() 的第一个条目）。显然，R CMD check 找错了地方。

原则上，我们可以为 R CMD check 使用 --library 参数来指向正确的位置，但是当您使用 --as-cran 时，--library 默认为 /usr/lib/R/library.

最简单的解决方案可能是将所有包（特别是 "additional" 包 ROSE 和 DMwR）安装到 /usr/lib/R/library 中。有很多方法可以做到这一点。一种解决方案是添加

sudo mkdir -p /usr/lib/R/library
echo 'R_LIBS=/usr/lib/R/library:/usr/lib/R/site-library/' > ~/.Renviron
sudo chmod 2777 /usr/lib/R/library

到 .travis.yml 文件的 before_install 部分。

R找不到travis安装的包

R can't find packages installed by travis

packages

r

travis-ci