如何重新定位为来自 brainweb 的原始图像的轴

Question

我有一张原始图像，其中包含

等信息

image dimensions: zspace yspace xspace
    dimension name         length         step        start
    --------------         ------         ----        -----
    zspace                    181            1          -72
    yspace                    217            1         -126
    xspace                    181            1          -90

应解释如下：

the file scans the 3D image volume such that the 'X' coordinate changes fastest, and the 'Z' changes slowest.
the image sizes along the X-Y-Z axes are 181x217x181 voxels (pixels).
the voxel sizes along the X-Y-Z axes are 1x1x1 mm.

每个体素使用一个（无符号）字节，并且缩放数据以使其使用整个 0...255 值范围。

目前，我正在使用下面的代码来读取原始文件。可以读取原始图像并显示为右图。然而，它看起来不像我预期的结果，图像被重新定位为轴。

你能帮我用Matlab代码解决吗？

filepath=strcat('t1_icbm_normal_1mm_pn5_rf20.rawb');
fid = fopen(filepath,'r');    
rima=zeros(dim(1:3));
for z=1:dim(3),    
  rima(:,:,z) = fread(fid,dim(1:2),'uchar');  
end;
fclose(fid);
imshow(rima(:,:,91),[]); %% Show slice 91th

参考 link 是 http://brainweb.bic.mni.mcgill.ca/about_data_formats.html 。输入文件可以从here or brainweb

下载

Answer 1

原因是因为当MATLAB读入数据时，它将数据按列主顺序放置。这意味着您通过行读取的数据被放置在列中。因此，这具有将您的图像旋转 90 度并反射出来的外观运行。

一个简单的解决方案是采用矩阵并运行单独放置每个切片。只需调用 permute 即可解决问题：

rima = permute(rima, [2 1 3]);

以上代码在矩阵的每个切片上交换第二维和第一维，有效地独立执行每个切片的 t运行spose。我还注意到，当您这样做时，水平轴上会出现反射。致电 flipdim 解决此问题：

rima = flipdim(permute(rima, [2 1 3]), 1);

为了重现，我已经在我的电脑上下载了文件和运行代码。我在 permute 和 flipdim:

之前和之后显示第 91 个切片

filepath=strcat('t1_icbm_normal_1mm_pn5_rf20.rawb');
fid = fopen(filepath,'r'); 
dim = [181 217 281]; %// Added for code to run   
rima=zeros(dim(1:3));
for z=1:dim(3),    
  rima(:,:,z) = fread(fid,dim(1:2),'uchar');  
end;
fclose(fid);
imshow(rima(:,:,91),[]); %% Show slice 91th

%// New - Permute dimensions and flip rows
rima = flipdim(permute(rima, [2 1 3]), 1);
figure;
imshow(rima(:,:,91),[]); %%// Show corrected slice

这是我们得到的之前和之后的结果：

如何重新定位为来自 brainweb 的原始图像的轴

How to reorientation as axial axis of raw image from brainweb

matlab

image-processing

matrix

computer-vision