使用 R 阅读 GSE table

Question

我在 R、

中通过运行这个命令下载了补充文件

filePaths = getGEOSuppFiles("GSE60341")

这创建了两个文件，

1) GSE60341_nanostring_processed_data.txt;和

2) GSE60341_RAW

如何让 R 读取 GSE60341_nanostring_processed_data.txt 作为有意义的数据框？

提前致谢。

Answer 1

read.table 可能是最好的选择，甚至会读入 *.gz 文件：

temp <- read.table("GSE60341/GSE60341_nanostring_processed_data.txt.gz")
> dim(temp)
[1]  251 1950

有很棒的 GEOquery 教程here

Using R to read a GSE table