多次随机化矩阵

Question

我有一个数据，一些由矩阵表示的高通量基因数据A

          C1 C2 C3 C4
 Gene A   3  5  7  4
 Gene B   2  4  9  3
 Gene C   1  6  8  5

我希望不断随机化这个矩阵，比如 10 次，并将每个新的随机化矩阵保存为 R 中的新对象。所以我会将 A 随机化为 A1 ，A2, ... A10 然后我可以在需要时保存这些检索 A1,...A10 。我知道我可以通过使用 A1 <- A[,sample(ncol(A))] 随机化 A 行来给我 A1，这可能如下所示：

         [1] [2] [3] [4] 
Gene A    5   3   4   7  
Gene B    9   4   3   2
Gene C    5   8   6   1

是否可以自动生成 A 的更多按行排列，而不是一次又一次地手动输入该行代码？谢谢！

Answer 1

我们可以使用replicate来随机化matrix'n'次。我们指定 simplify=FALSE 以获得 list 输出。

n <- 10
lst <- replicate(n, A[,sample(ncol(A))], simplify=FALSE)
names(lst) <- paste0('A', seq(n))
lst$A1
#       C1 C2 C4 C3
#Gene A  3  5  4  7
#Gene B  2  4  3  9
#Gene C  1  6  5  8

如果我们独立地按行采样，正如@Frank 在评论中提到的，我们可以使用 apply 和 MARGIN=1 来按行进行 sampleing。我们可以将输出的列名更改为原始矩阵的列名 ('A').

lst <- replicate(n, t(apply(A,1,sample)) , simplify=FALSE)
names(lst) <- paste0('A', seq(n))
lst <- lapply(lst, function(x) {colnames(x) <- colnames(A); x})
lst$A1
#       C1 C2 C3 C4
#Gene A  7  4  3  5
#Gene B  2  4  9  3
#Gene C  5  8  1  6

数据

A <- structure(c(3L, 2L, 1L, 5L, 4L, 6L, 7L, 9L, 8L, 4L, 3L, 5L), 
.Dim = 3:4, .Dimnames = list(
c("Gene A", "Gene B", "Gene C"), c("C1", "C2", "C3", "C4")))

多次随机化矩阵

Randomizing a matrix multiple times

r

permutation

数据